若为处方所用之漱口水，则应遵循说明书所示之用法，不同处方之漱口水使用频率各异；若为非处方之漱口水，则建议每日使用不超过三次为佳；若为长期且每日多次使用漱口水，则可能对口腔造成一定危害，如抑制正常菌群、导致味觉功能下降等。
1、抑制微生物的状态
漱口水具有一定的杀菌效果，但若长期使用且频繁使用，则会抑制口腔内正常微生物群落的平衡，从而导致口腔溃疡的发生。漱口水中所含的杀菌成分可能会导致一些常见的口腔益生菌数量急剧减少，同时放线菌属的有害菌数量则会显著增加，从而对口腔健康产生严重的不良影响。
2、引起味觉感知能力下降
长期使用口腔漱口水，可能导致口腔干燥、黏膜灼热，从而影响味觉功能。可以通过食用蜂蜜来促进味觉的恢复。建议在医生的指导下使用漱口水，以达到最佳的口腔卫生效果。如果没有医生或者药师指导，患者可自行购买。长期使用非处方的漱口水是不明智的，因为它们可能会对身体造成不良影响，需要谨慎使用。