新生儿头顶头发稀少多数为生理原因，也有可能是先天性外胚层发育不全引起的。
1、生理原因：新生儿正处在一个特定的成长阶段，有些的毛发还没有完全发育好，就会造成头皮上的毛发稀少。新生儿毛发具有个人的特点，其毛发数目及色泽不会对日后毛发的特性产生显著的影响。只要新生儿吃奶、大小便正常，体重增长正常，精神反应也正常，就需要进行进一步的观察，这样才能保证新生儿的健康成长。
2、先天性外胚层发育不全：因为先天的外胚层生长不完全，会引起皮肤和附属器官的生长不正常，这是一种常见的无汗的外胚层生长不完全，主要症状是少汗、少毛、牙齿畸形，同时还会伴随毛发和体毛稀少、干燥和脱落，在出生时就会出现头皮光秃的症状。