对于孩子高热39℃会不会引起脑损伤，目前还不清楚。假如是因为中枢系统感染导致的高体温39℃以上，30分钟以上就有可能导致脑损伤，如果是因为其它原因，通常不会导致脑损伤。
发热一般与病毒、细菌感染有关，病因有很多，是一种疾病的表现，与脑损伤无关。假如是脑炎、脑膜炎等中枢系统感染，对脑细胞的损害会更严重。高热39℃，持续30分钟，可引起惊厥、缺氧或窒息，脑部缺氧3分钟以上，可引起不可逆的脑损伤，引起儿童智力低下。