宝宝食用乳糖酶通常无副作用，但能帮助宝宝大脑发育，减轻消化不良和腹泻等症状，还可用于治疗乳糖不耐受。
乳糖酶临床上能分解乳糖为宝宝脑部发育所需之半乳糖，有助于促进宝宝大脑发育，还可用于治疗宝宝消化不良或者腹泻等、腹痛症状，还有助于宝宝乳糖不耐受这种疾病，让乳糖分解成半乳糖让宝宝吸收，还能促进宝宝对牛奶中蛋白质和维生素迅速吸收。
而给宝宝服用合适的乳糖酶也有助于宝宝预防疾病和保护其肠道黏膜，因此在医生指导下，适量服用某些乳糖酶不会产生副作用。
应注意乳糖酶摄入量应在医生指导下，根据宝宝个人体质合理选择给药剂量，切忌随便给药，避免造成宝宝机体药物不良反应。