儿童肌肉萎缩病最常见的原因是神经系统疾病和肌源性疾病。神经系统疾病包括脑瘫、脑炎、脊髓炎等，这些疾病可能导致肢体活动障碍和肢体瘫痪，从而导致肌肉发生萎缩。小儿麻痹症也是肌源性疾病的一种，由于周围的肌肉失去了神经的营养作用，也会出现肌肉萎缩。肌源性疾病包括肌营养不良、骨骼肌炎等，这些疾病也会导致肌肉萎缩。
其他如外伤、废用性肌肉萎缩等也可能引起儿童肌肉萎缩病。因此，及早进行康复训练和治疗，以及针对原发疾病进行治疗，是预防和控制儿童肌肉萎缩病的关键。