新生儿尿道下裂的治疗通常需要在1岁以后进行，因为早期手术可能无法完全治愈尿道下裂，而且7岁之前手术的成功率更高。大多数新生宝宝尿道下裂只需要暂时观察，而严重的尿道下裂需要手术治疗。治疗尿道下裂主要通过手术矫正，包括纠正阴茎下弯和成形尿道口。轻度尿道下裂的手术风险较小，一般需要1-2次手术，而重度尿道下裂的手术风险较大，需要多次手术才能逐渐纠正畸形。
手术后，尿道下裂患者可能需要定期随访和复查。