宝宝脸色发黑发暗可能是由多种生理和疾病因素造成。在生理因素中，哭闹和色素沉着是常见的原因。哭闹可能导致宝宝换气不畅，引起脸色发黑发暗，属于缺氧的表现；色素沉着可能是由于宝宝长时间暴露在阳光下导致面部皮肤黑色素沉着。在疾病因素中，维生素D缺乏、持续肺动脉高压、新生儿败血症和发绀型先天性心脏病可能导致宝宝脸色发黑发暗。
这些疾病可能导致宝宝出现呼吸困难、窒息、严重缺氧等症状，因此建议及时前往医院进行检查和治疗。