婴儿高烧39度的危害通常是高热、惊厥等。
由于细菌或病毒感染导致的发热，通常会导致产热增多，而放热量降低，体温在38.5摄氏度以上，属于中高热，也有可能是严重的肺炎、败血症等。
由于婴儿的神经系统还没有完全成熟，如果不能及时退烧，就有可能出现高热、惊厥等情况，甚至会引起脑炎。如果婴儿长时间处于高热状态，还会加快身体的水分蒸发，引起婴儿脱水、代谢性酸中毒等症状，进而影响婴儿的身体代谢。
所以，婴儿的体温达到39度时说明有很严重的发烧。假如婴儿继续高热，在医生的指导下可以服用一些退热药，比如布洛芬混悬液、小儿退热口服液等。