小孩子夜晚发高热还肚子疼可能是胃肠道的急性感染、急性阑尾炎和肠梗阻、肠系膜淋巴结感染等因素引起的，要对症治疗。
1、胃肠道的急性感染：最常见的引起发热和肚子疼的原因，有可能是因为小孩子的肠胃受到了严重的感染。出现发热、恶心、呕吐、腹痛等症状的概率较大。这种情况下，需要依据感染的原因来选用合适的药物，也可以到有关的医院进行咨询。
2、急性阑尾炎和肠梗阻：小孩子发热，可考虑患有急性阑尾炎或肠梗阻。这种情况下，家长要尽快带小孩子到医院做进一步的检查，明确诊断，针对原因进行治疗，有利于小孩子的恢复。
3、肠系膜淋巴结感染：小孩子发热也有可能是由于肠系膜淋巴结的炎症引起的。可以在医生指导下对症治疗，以减轻小孩子的发热、腹痛等症状。
最后，不管是什么原因造成的，都不能掉以轻心，一定要找出原因，到当地的门诊或医院进行检查，尽量避免误诊，尽早找出原因，对症治疗，减轻小孩子的痛苦和不适。