两岁宝宝发烧39度通常需要通过物理降温、药物治疗等方式进行干预。
吃完退烧药后，可以让宝宝多喝一些热水，同时要穿比较宽松的纯棉质衣物，通常可以帮助宝宝出汗散热，降低温度。家长可以在医生指导下给宝宝敷上降温贴，用温水擦浴，泡个温水澡，一般也可以给宝宝吃一些具有清热解毒作用的中成药，如羚羊角颗粒、小儿牛黄清心散等。
经过上述退烧治疗后，由于宝宝只有2岁，而39度是高烧，可能是感染性的疾病，建议及时到儿科急诊就诊，检查宝宝的感染情况。
如果宝宝出现持续发热超过2天的情况，要及时到医院做血常规、C反应蛋白、咽部有无发炎，同时还要听诊肺部，做肺片，根据症状进行相应的治疗。