三个月宝宝睡觉摇头的原因可能是佝偻病、头部湿疹。
1.佝偻病：佝偻病是因为在孩童时期，人体缺乏维生素D，导致体内钙、磷元素的代谢失调，从而导致骨骼变形、软化，从而导致骨骼发育不良。这个疾病在宝宝成长迅速的阶段很可能出现，所以三个月大的宝宝在睡梦中会摇头。建议每日服用维生素D，如果有需要还需要补充一些钙剂。
2.头部湿疹：头部湿疹是一种常见的过敏性湿疹，有明显的渗出物，头颅湿疹以剧烈瘙痒、脱屑等症状为主，而且被挠破后还会出现二次感染，还会出现糜烂、渗出液，还会引起三个月大宝宝睡觉时摇头。可以在医生的指导下外用湿疹软膏，但是宝宝还小，最好不要服用。