新生儿两病筛查查的一般是先天性的甲状腺功能低下症和苯丙酮尿症。
这两种疾病都是在新生儿时期比较容易发生的一种遗传代谢性疾病，通常都是在新生儿早期就进行了筛查，做到早期诊断、早期治疗，这样就能够避免新生儿出现智力发育上的问题，比如先天性的甲状腺功能低下，如果能够及早发现，及时的给新生儿补充甲状腺素片，新生儿就能够和同龄的新生儿一样，而且还不会对新生儿的智力和身体发育造成任何的影响。患有先天性苯丙酮尿症的新生儿，只要能及早确诊，及时给予低苯丙氨酸膳食，新生儿的智力和身体发育都会得到改善。
在日常生活中要做好日常的护理，及时发现新生儿的发育异常，及时的进行干预。如果错过了介入的时机，出现异常症状后才进行治疗，对已有的效果是不能恢复的，因此对所有的新生儿都要进行这两种疾病的筛查。