百天宝宝咳嗽能不能自愈要根据具体情况来判断，可能可以自愈，也可能不可以自愈。
1、可以自愈：哺乳呛咳：宝宝的吞咽能力还没有成熟，在哺乳的时候，如果没有及时的吞咽，很有可能会引起呛咳，父母可以在哺乳的时候，给宝宝拍打一下背部，这样就可以减轻咳嗽的症状了。宝宝若不慎受了风寒，患了轻微的伤风，会有轻微的咳嗽和流涕的症状。一般情况下，如果宝宝出现咳嗽，症状不会恶化，也不会出现并发症，一般都会自行痊愈。
2、不可以自愈：宝宝咳嗽是由于严重的感冒或者肺炎等严重的疾病导致的，不能自愈。要根据宝宝的情况，给予宝宝相应的治疗，例如，如果是炎症性咳嗽，可以用阿奇霉素或者头孢呋辛钠来抗炎。如果是由于病毒感染导致的咳嗽，可以选择服用干扰素、磷酸奥司他韦等抗病毒药物。在此期间，父母要做好对宝宝的日常护理工作，避免让宝宝到人群密集的场所，避免出现交叉感染，对宝宝的康复不利。