三个月小孩反复发热可能是感冒、扁桃体炎、肺炎等疾病导致的，可以通过口服药物、静脉点滴的方式治疗。
1、感冒：三个月大的小孩，因为自身免疫力较弱，很容易被病原体感染，从而导致感冒，因为炎症的感染，会导致小孩发热，此时需要服用小儿氨酚烷胺颗粒、小儿感冒颗粒等。
2、扁桃体炎：三个月大的小孩如果被病原体感染，就会出现扁桃体炎，出现扁桃体肿大、疼痛的症状，不及时处理的话，还会出现反复发热的症状，这个时候需要在医生的指导下服用蓝芩口服液、小儿咽扁颗粒等。
3、肺炎：三个月大的小孩吸入刺激性气体，极易引发肺炎，若得不到有效控制，则会引发肺部感染，引起反复发热，咳嗽、咳痰等，此时应在医生的指导下，给予阿莫西林钠、头孢曲松钠等输液。
在这段时间里，小孩要注意保暖。