小儿疱疹性咽颊炎的第一选择是抗病毒药物，因为疱疹一旦破溃很容易引起细菌感染，需要配合使用抗生素。另外，配合使用外用药物可以获得更好的疗效。
小儿咽峡炎局部会产生疱疹，常见的肠道病毒有可能会引起。所以，要先给小儿使用抗病毒的药物，比如人干扰素2b注射液，或者是中成药，比如抗病毒口服液、蓝芩口服液等。
因为咽峡炎的局部有可能出现水疱，所以要配合一些抗生素，比如阿莫西林胶囊，头孢克肟颗粒等。对于有青霉素、头孢等过敏史的小儿，也可以服用一些大环内酯类的药物，如罗红霉素颗粒、环酯红霉素片等。同时服用抗病毒和消炎药，一般都会有明显的改善。
此外，也可以使用一些局部喷雾剂，如利巴韦林喷雾剂，对着咽部疱疹部位进行多次喷雾剂，这样可以加快病情的好转。
在日常生活中要做到一个人吃饭，尽量不去触碰别人的东西，以免发生交叉感染。尽量不要吃辛辣、刺激性的食品，多吃易消化、易吸收的食品，或半流质食品，可减轻咽喉疼痛，防止咽喉疼痛加剧。