孩子发烧时，灌肠不会对孩子的身体有太大的影响，但是如果经常灌肠，就有可能会损伤直肠，或者是肛门，还可能会刺激肠道粘膜引起消化道症状。
1、损伤直肠：当儿童发热时，物理降温效果不佳，又不肯吃退烧的药物，可以采用灌肠的方法，无需通过口腔给药，一般是通过肛门注射，但若使用太过激烈，则会损伤肛门及直肠，增加感染的几率。可以在医生指导下使用这一方式。
2、消化道症状：在灌肠后，药物会刺激肠道粘膜，导致一些儿童出现腹胀、腹泻的情况。