儿童发热引起关节疼痛的病因，多与一般病毒感染、风湿性关节炎、幼年特发性关节炎，以及其他病因等都有一定的关系。
1.一般病毒感染：儿童发烧后会有关节痛的症状，可能是由于病毒感染所致，导致的反应性膝关节炎症。
2.风湿性关节炎：小儿发烧时有关节痛，可能是由于溶血性链球菌感染引起的，同时伴有膝关节炎正变化。
3.幼年特发性关节炎：这是一种自身免疫性疾病，主要表现为发热伴膝关节疼痛。
此外，儿童长期发热伴有关节肿痛，应考虑白血病、膝关节结核、肿瘤等疾病，应及时到医院进行血液检测，或进行膝关节CT检查。