新生儿血氧饱和度低主要是肺部病变、心脏病变、颅内病变、气道梗阻等原因导致的。
1.肺部病变：新生儿的肺部发育不全，如果患有湿肺、肺炎、肺出血等疾病，会影响到肺通气、换气功能，从而造成血氧饱和度降低，从而会引起低氧血症，还会出现心动过速、血压降低、口唇紫绀等症状，这个时候需要及时的给新生儿输氧。
2.心脏病变：紫绀型先天性心脏病是因为肺动脉狭窄、肺动脉高压等原因造成的，一般都是因为房间隔缺损或室间隔缺损，造成了从左到右分流，从而造成了血氧度的降低。
3.颅内病变：当新生儿出现难产或者是因为宫内窘迫等原因而引起的缺血缺氧性脑病、颅内出血等情况时，会对呼吸中枢产生影响，有可能会造成中枢性呼吸衰竭，引起低氧血症，造成血氧饱和度降低。
4.气道梗阻：如果得了先天性会厌囊肿、气道狭窄、后鼻孔闭锁等疾病，患者会出现呼吸困难，导致呼吸、换气功能障碍，从而导致血氧饱和度降低。