新生儿的眼睛发黄一般是因为有了黄疸，如果有了黄疸，就会引起皮肤、巩膜等组织的黄染，而有生理性和病理性两种情况。
1、生理性黄疸
新生儿在生下来的时候，其生成的胆红素比身体排泄量要多，而且，新生儿的血清中没有足够的胆红素。
所以，肝脏对胆红素的反应也比较差，再加上肠道蠕动缓慢，肠道菌群还没有彻底的建立。身体中过量的胆红素就会被排除在外，所以就会出现生理性黄疸。
2、病理性黄疸
病理性黄疸一般发生于生后24h以内，病程漫长，可以逐渐恶化或迁延不愈，主要与血型不合、感染、缺氧、高胆红素血症、先天性胆道闭锁等因素有关。
新生儿的眼睛发黄，首先要做进一步的检查，然后在医生的指导下进行治疗。