手足口病和口腔溃疡在病因、症状、处理方式上有很大的不同，需要在医生的指导下积极治疗，以免病情恶化。
1、病因不同：手足口病主要是由于肠道病毒感染所致，但是口腔溃疡的病因目前还不清楚，可能与遗传、饮食、免疫等因素有关，而且存在着一定的个体差异。
2、症状不同：多数手足口病症状较轻，可伴发或不伴发高烧，其症状表现为手足、口腔、臀部等处出现散播的皮疹或疱疹。口腔溃疡多发生在口腔的唇、脸颊、软腭或牙龈等部位的黏膜上，通常会出现口腔溃疡的症状。
3、处理方式不同：一般以对症为主，如阿昔洛韦片或布洛芬混悬液为主，在病人发病时要注意隔离，以免发生交叉感染。在明确了原因之后，可以在医生的指导下服用桂林西瓜霜、口腔溃疡散等药物。
除了上述因素之外，在传染性、防范和预后上也有不同的表现。平时要多休息，多吃一些营养丰富的清淡的食物，尽量不要吃辣椒、芥末等辛辣的食物。