三个月婴儿缺钙，可以考虑以下方法进行补充：
1. 补充钙剂：婴儿可以通过口服或注射钙剂来补充钙质。钙剂的选择应遵循医生的建议，因为不同品牌的钙剂有不同的适用剂量和副作用。一般来说，婴儿每天需要的钙摄入量为300毫克，但具体剂量应根据婴儿的年龄和体重来计算。
2. 晒太阳：婴儿可以通过暴露阳光来促进身体对钙的吸收。建议在婴儿的太阳下暴露的时间不要过长，以避免晒伤和皮肤癌的风险。同时，应使用保护眼睛的太阳镜和防晒霜。
3. 添加钙补充剂到婴儿的饮食中：婴儿可以通过添加钙补充剂到他们的饮食中来增加钙的摄入量。例如，乳制品、豆类、绿叶蔬菜和坚果都是富含钙的食物，可以通过添加这些食物到婴儿的饮食中来满足他们的钙需求。
4. 补充维生素D：维生素D可以帮助婴儿更好地吸收钙。可以通过给婴儿注射维生素D或通过暴露阳光来促进维生素D的生成。建议婴儿在出生后的头几个月内一直补充维生素D。
需要注意的是，婴儿补充钙质应在医生的指导下进行，以确保剂量和安全性。同时，婴儿补充钙质的时间和频率应根据医生的建议进行调整，以避免钙过量或不必要的副作用。