小儿腹泻的治疗原则，是调整饮食、预防和纠正脱水、合理用药、加强护理、预防并发症。常用的药物，如下：
一、控制感染，大多数腹泻是由病毒和非侵袭性细菌所致，一般原则上不用抗生素，若需要用要根据大便细菌培养和药物敏感试验结果进行调整，常用的抗生素有庆大霉素、卡那霉素、氨苄青霉素、红霉素、环丙沙星、头孢霉素等等。
二、微生态疗法，有助于恢复肠道正常菌群的生态平衡，抑制病原菌定植和侵袭，控制腹泻常用双歧杆菌。
三、肠黏膜保护剂能吸附病原体和毒素，维持肠细胞的吸收和分泌功能，常用蒙脱石散。
四、补锌治疗，世界卫生组织最新介绍，对于急性腹泻的小儿可以给予口服元素锌。
五、补液，轻中度的脱水口服补液，重度脱水静脉补液。