引起手足口病的病毒，有肠道病毒和呼吸道病毒。肠道病毒可以经过胃肠道（粪-口途径）传播，也可以经呼吸道（飞沫、咳嗽、打喷嚏等）传播，还可以由于接触手足口病患者口鼻腔分泌物，皮肤或粘膜疱疹液及被污染的手及物品等造成传播。尚不能明确是否可经水或食物传播。人是本病的传染源，患者和隐性感染者均为本病的传染源。