生理性腹泻不是疾病，因此无需应用药物。如果生理性腹泻不严重，无需处理，继续正常母乳喂养即可，一般随着辅食的添加会逐渐的好转，必要时可以更换奶粉进行喂养。如果生理性腹泻是由于人工喂养所造成的，可以注意调节喂养习惯。同时注意应当加强臀部的局部护理，及时应用清水清洗臀部和会阴，也可以外用软膏涂抹进行保护，以防止皮肤出现发红、溃烂，甚至局部感染。