早产儿住保温箱做核磁共振没有副作用。核磁共振是利用原子核在强磁场内发生共振产生的信号，经图像重建的一种成像技术，是一种核物理现象。核磁共振不需要注射造影剂，无电离辐射，对身体的健康没有影响。而且磁共振准确率较ct检查更高，误差概率性很小。早产儿可以考虑进行磁共振的检查，对早产儿的健康没有任何的影响。