小儿感染性心内膜炎脾大的原因主要是因为小儿感染性心内膜炎之后，血液中的微生物病原体，会持续不断的刺激身体的细胞和体液免疫介导的免疫系统。而脾脏也属于身体的免疫系统之一，受此刺激就有可能会出现脾脏偏大。这也是小儿感染性心内膜炎的常见并发症之一，必须要积极控制好小儿感染性心内膜炎，去除血液中的微生物病原体才可以好转。