幼儿脑炎的治疗主要以治疗原发病因和对症治疗为主。病毒性脑炎无特效的方法，控制颅内压增高，高热抽搐的发作尤为重要，昏迷的患儿要保持呼吸道的通畅，对症治疗以及抗病毒治疗。抑制病毒在体内复制的药物有无环鸟苷，碘苷，阿糖胞苷，阿糖腺苷等。如果细菌感染引起的脑炎，治疗需要结合脑积液的药敏试验，使用敏感的抗生素进行抗感染治疗以及对症治疗。