孤独症目前没有特效治疗的方法，多采用综合治疗，包括行为治疗、支持性心理治疗、药物治疗等。行为治疗多用来矫正患儿的不良行为，促进社交性的行为，增加自信。支持性心理治疗，可以通过与治疗师与患儿建立良好的关系，鼓励、支持、引导患儿处理情绪、人际关系问题和生活事件。对于孤独症伴发的精神病性障碍，可以使用小剂量的氟哌啶醇(如每天2-10mg)。一些新型的抗精神病药也可以应用，比如奥氮平、利培酮等。患儿伴有的多动症状可以使用哌甲酯，另外普萘洛尔或可乐定可以减轻患儿的冲动、攻击行为。选择性五羟色胺再摄取抑制剂（氟西汀、舍曲林等）也可用于患儿抑郁、焦虑等情绪的治疗。