先天性自闭症的原因仍不明确，可能与以下因素有关。一是遗传因素。某些遗传性疾病（苯丙酮尿症）常伴有孤独症的症状，单卵孪生儿同病率显著高于双卵孪生儿。二是与脑器质性损害有关。比如发生于产前、围产期，或者是发生于婴幼儿期。可以发现部分孤独症患者伴有癫痫发作、左利手、身体的小畸形。三是神经内分泌异常。有报道称患儿脑脊液中多巴胺代谢物及血中五羟色胺浓度升高。四是免疫学的检查也有异常发现，比如发现部分患儿的血及脑脊液中出现某神经递质的自我抗体等。