目前生产的手足口病疫苗主要是预防肠道EV71病毒感染所致的手足口病。引起手足口病的病毒主要是肠道EV71病毒，此外还有柯萨奇A组16型病毒、埃可病毒等等。如果是其他病毒感染的手足口病，接种该疫苗是不能预防的。此外疫苗储存不当或者接种疫苗期间服用了抗病毒药或者抗菌素，都会影响抗体的产生。所以接种手足口病疫苗95%可以产生抗体，有极少数患儿还会得手足口病。