小儿动脉导管未闭手术是否会存在后遗症，需要结合病情判断。如果是单纯的动脉导管未闭并没有同时伴随有其他心脏畸形，那么单纯做动脉导管封堵手术安全性还是很高的，此类手术目前也是比较成熟的，通常并不会有后遗症，手术后可以和正常人一样。如果还有合并其他心脏畸形，那么不排除存在某些后遗症的可能性，就需要根据有哪些其他心脏畸形在做判断。