这两种疾病在临床上主要是皮疹的分布不同，泡疹性咽颊炎主要是口腔黏膜上出现黏膜疹，手足口病不但会在口腔黏膜上出现皮疹，手部足部臀部躯干和周身部位都可以出现皮疹。临床上可能会有不典型的手足口病出现，只有口腔黏膜疹，或者只有皮疹而没有口腔黏膜疹，只有口腔黏膜疹的手足口病和疱疹性咽颊炎的分辨是比较困难的。