在临床上手足口病隔离期为21天。本病的潜伏期是3-7天，然后突然起病。大部分的病人在发病前1-2天，或发病的同时伴有发热的情况，体温一般＜38摄氏度。导致手足口病的柯萨奇A组病毒不会引起细胞的病变，所以大多数症状比较轻。但是柯萨奇病毒B组、肠道病毒71型等病毒可以引起机体细胞的病变，所以可以成为重症病例。