手足口病和疱疹性咽喉炎是常见的临床疾病，具有一些相似性和不同点。首先都是肠道病毒感染所引起的急性传染性疾病，虽然手足口病被纳入传染病行列，但是疱疹性胰腺炎也是具有一定传染性的。疱疹性咽峡炎的疱疹主要发生在口腔部位，而手足口病疱疹除了口腔以外，手、足、臀部同时出现疱疹性改变，这是两者临床表现最主要的区别。另外疱疹性咽峡炎通常病情比较轻，极少有严重的并发症，而手足口病重症病例就要更多一些，比如常见的并发脑炎、心肌炎等，预后更差。