先天性智力障碍属于遗传性的疾病，基因缺陷是主要病因。基因缺陷可以导致大脑发育不全，患儿出生后可以表现为先天愚型。产前的伤害比如宫内感染、射线辐射、营养不良也会影响胎儿神经系统的发育，出现智力的障碍。分娩时发生早产、缺氧、颅内出血都会影响大脑的发育。先天智力障碍后天很难治疗，此病只能预防。产前检查如基因和染色体检测可以发现预防基因或染色体异常导致的先天智力障碍。