畸胎瘤是源于胚胎时期生殖细胞的基因发生了突变、分化异常。这些来源于内胚层、外胚层、中胚层的的异常分化细胞功能复杂，异常分化的细胞脱落接种到了人体的不同部位，会发生不典型分裂增殖生成皮样囊肿，其内可因细胞来源不同而有毛发、脂肪、骨片等。发生的原因可能也与遣传、内分泌紊乱、感染等有一定的关系。因为脱落的异常分化细胞着陆部位不同，畸胎瘤可以生长在颅内、胃内、男女的生殖器官中以及骶尾部，大多是在人体中线或者两侧处。