疱疹性咽喉炎的病毒，病原体是柯萨奇病毒a组，好发于夏秋季，宝宝往往表现为高热、咽痛、流口水、厌食、呕吐，体格检查可以看到咽部充血，在咽部黏膜上可以看到疱疹，伴有疼痛。引起手足口病的病毒，主要是肠道病毒，是以柯萨奇a组病毒和肠道病毒71型比较多见。手足口病也可以见到咽部的疱疹，但是往往双手双脚和臀部皮肤出现皮疹。二者治疗上都是应用抗病毒治疗和对症治疗，没有什么特殊区别。但是重症的手足口病往往伴有重症肺炎，爆发性心肌炎等严重的并发症会危及生命，而疱疹性咽喉炎一般情况下没有什么严重的并发症。