儿童肠系淋巴结肿大多数是由病毒感染所致，可以口服抗病毒的药物进行治疗，常用的药物有利巴韦林颗粒，金花口服液等。如果明确有细菌感染的情况，同时给予抗生素治疗，如阿莫西林或头孢类的消炎药等治疗。对病情较重的可以在医生的指导下给予静脉输液治疗。如果已经形成囊肿，并有破溃的儿童来说，需要积极的进行手术治疗，防止症状加重。