先天性疾病大多是指遗传代谢性疾病或者因为染色体的问题、基因的问题，孩子从一生下来就有的疾病。而自闭症的病因至今都尚未明确，可能与以下因素有关：1.遗传因素；2.围产期因素，母亲在怀孕、生产期间的并发症，感染，产时外伤等；3.免疫系统异常，T细胞、杀伤细胞减少；4.神经递质和内分泌异常的影响。因此遗传因素并不是自闭症的唯一病因，也就是说自闭症不是先天的。