男性阴茎发育不良一般没有明显的临床症状，往往是通过阴茎外观和和相应的检查来诊断。最常见的阴茎发育不良包括了以下几种，阴茎短小临床上比较常见，可以伴有小睾丸和勃起功能障碍，做性激素检查可以发现睾酮水平低下，可能合并有染色体等遗传物质异常。隐匿性阴茎也是常见的阴茎发育异常，和小阴茎的区别在于本身阴茎大小和长度没有异常，只是阴茎外露缺陷。尿道开口异常，比如尿道下裂、尿道上裂等在临床也较为常见。