小儿咳嗽扁桃体肿大的药物治疗，首先要明确具体病因，然后选择对症的药物。第一、如果咳嗽扁桃体肿大，是因为孩子体内积火过多导致的，建议家长给孩子适当的服用黄连上清片，或者牛黄解毒丸等，缓解症状。第二、如果上述症状是因为病毒感染导致的，建议家长给孩子适当的服用具有清热解毒、消肿散结功效的药物，例如蒲地蓝消炎口服液或者小儿抗病毒口服液等，帮助改善症状。