如果宝宝出现了乳糖不耐受的情况要积极的治疗，治疗的目的是消除症状，同时避免营养的缺乏。对于原发性的乳糖酶缺乏，提倡减少乳糖的摄入，对于先天性的乳糖酶缺乏，则应该终身进食乳糖。
对于继发性的乳糖无耐受的首要治疗是针对原发病的治疗，如果急性期宝宝出现了明显的脱水，要积极的治疗脱水，缓解孩子的症状。如果没有断奶的宝宝要采取乳糖无耐受的奶粉喂养，缓解孩子腹泻的症状，促进肠道的恢复。但是喂养的时间一般不超过2周，长期采用乳糖无耐受的奶粉，容易导致各种元素的缺乏。
一般的治疗如果乳糖不耐受存在剂量的依赖性，减少乳糖摄入即可，无需完全避免摄入膳食的乳糖。根据临床症状的轻重，可以采取无乳糖或者低乳糖的牛奶喂养。目前市面上盛产的无乳糖奶粉或者是水解牛奶，均不含乳糖，是优质的牛奶蛋白配方，能够确保蛋白质的足量供应和良好的利用，而且含有婴儿正常所需的全部矿物质和维生素，但是价格比较昂贵。
如果原发性乳糖不耐受的孩子临床症状与进食乳糖的密切量有关系，因而可以采取少量多次摄入乳制品，对于增强肠道对乳糖的耐受性，还可以选择发现发酵乳、酸奶，进食酸奶的时候避免空腹，以减小乳糖不耐受的症状。另外，药物治疗可以选择益生菌的治疗。益生菌可以表明与乳糖酶有关，含有益生菌的微生物活剂能够促进小肠绒毛上皮细胞的增生，有利于乳糖酶的恢复与治疗。