引起儿童矮小症的原因很多，如果父母身材矮小则后代的身高也不一定很高，而这种矮小不是病态的。疾病所引起的矮小中最常见原因是缺乏生长激素引起的侏儒症和缺乏甲状腺激素引起的呆小症，性早熟也是引起儿童矮小的原因。此外，营养不良、早产儿、染色体疾病、遗传代谢性疾病、长期应用糖皮质激素、慢性肝肾疾病等也会出现矮小。