腺样体肥大手术一般没有明显的后遗症。在一部分患儿会出现术后的扁桃体肥大增生和鼻咽部淋巴组织的增生，从而再次阻塞呼吸道，导致患儿症状复发。此时可以切除扁桃体或再次切除鼻咽部增生的淋巴组织，以改善通气。一些患儿术后可能由于腺样体切除后分泌功能下降和瘢痕组织增生，出现鼻咽部干燥的感觉，这种情况会逐步慢慢恢复而缓解。