新生儿反应低下治疗的措施主要是针对原发病治疗。很多疾病都可以导致新生儿反应低下，最常见的如新生儿感染，尤其是新生儿败血症，如果是细菌感染引起的反应低下，主要是给予抗菌素进行抗感染治疗，并补充液量和热卡。另外引起新生儿反应低下的就是颅内病变，如新生儿缺氧缺血性脑病，颅内出血等，一旦确诊在早期可以给予降颅压，止血等对症治疗。如果确诊是遗传代谢病，可在医生的指导下给予特殊奶粉喂养。