百日咳的中药秘方有如下三种：第一、风粟壳、糖冬瓜适量，煎水代茶饮，每日一剂；第二、百部、紫苏叶、桑白皮、冰糖适量，水煎代茶饮，每日一剂；第三、万寿菊适量，加清水2碗，煎至水剩一半去渣，加适量糖调味饮用，每日一剂。具体选择哪种秘方因人而异，应根据具体的中医辨证分型、病程的临床分期等多种因素综合分析而定。