尿道下裂手术后最常见的后遗症是尿道皮肤瘘，发生率在5%-20%左右。
其他还包括尿道口狭窄，多数是由于远端尿道缺血，或阴茎头成形方法不当造成。尿道狭窄多发生在阴茎头端尿道和尿道吻合口处，尿道憩室多继发于远端尿道梗阻，成形尿道口径过宽，或尿道周围组织缺少支持组织。尿道下弯复发往往是由于阴茎下弯矫正不彻底，留有残余阴茎下弯组织，或者阴茎腹侧产生瘢痕组织所致。