幼儿如果确诊患有巨结肠，需要手术治疗。手术治疗前需要规范的回流灌肠，回流灌肠的目的是排除巨结肠内潴留的大量粪便，引流肠腔内的炎性物质，改善肠道的微环境，使扩张的肠管能够得到一定程度的恢复，使术中能尽量保留肠管。
巨结肠的手术方式比较多，目前比较公认的有效方式是腹腔镜辅助下经肛门的巨结肠根治手术，巨结肠对婴幼儿而言，是比较复杂的大手术。