宫内感染引起新生儿出生后发生贫血，是因为细菌、病毒、衣原体等病原微生物的感染，都可以造成骨髓抑制，尤其是合并新生儿早发性败血症时，可以表现为贫血、白细胞明显的降低，甚至发生血小板的降低。细菌感染通过强有力的抗生素对症治疗后，随着感染的控制，贫血逐渐被纠正。
但如果是病毒感染，如巨细胞病毒感染、微小病毒B19等感染，可以造成骨髓的严重抑制，贫血持续的时间较长。另外感染还导致新生儿凝血功能障碍，发生出血也会导致新生儿贫血。