引起新生儿败血症常见的致病菌，主要有B族链球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、溶血性链球菌和肺炎克雷伯菌，其中最常见的和孕母有关的新生儿早发型败血症，主要和链球菌感染密切相关。
如果是与皮肤感染相关的致病菌，则主要与金黄色葡萄球菌有关。肠道感染引起的新生儿败血症主要与大肠埃希菌感染有关，应及时到医院进行治疗。